هر نرم‌افزاری در موارد متعددی برمبنای پیش فرض‌هایی کار می‌‌کند که این پیش
فرض‌ها (یا موارد قرارداری اولیه) بیشتر برمبنای عرف و عادت رایج مهندسان
کشور تهیه‌کننده‌ی نرم‌افزار، انتخاب شده است. برای نمونه نرم‌افزار SAP در
مصالح فولادی مبنای فولاد قراردادی و یا پیش فرض را A36 که تا حدودی قوی‌تر
از فولاد (S235JR (ST37-2 می‌‌باشد منظور نموده است و کاربر باید از این فرض
آگاه باشد.
در مثالی دیگر، در طراحی اعضاء یک سازه‌ی اسکلتی، نرم‌افزار، پارامترهای
طراحی را به‌صورت ترکیبی از پیش فرض‌ها و داده‌های مدل در نظر گرفته و به
نسبت تنش می‌‌رسد، در طراحی یک عضو، متغیرهای متعددی دخیل می‌‌باشد، همچون
طول عضو (ضریب طول موثر...) طول آزاد بال فشاری و... طراح باید از تک‌تک
متغیرها آگاه باشد.
مثلاً ممکن است در شرایطی برای تیر داخل یک کف، در جایی که بال فشاری آن مقید
است نرم‌افزار هیچ‌گونه قید جانبی منظور ننماید و یا مثلاً در شبیه‌سازی یک
تیر لانه زنبوری، متغیرهای طراحی مناسب فرض شده است یا خیر؟
3- تغییر شکل‌ها و تعادل نیروها
تعادل نیروهای وارد به سازه در شرایط مختلف، با استفاده از واکنش‌های
تکیه‌گاهی، همیشه باید مورد بررسی و ارزیابی قرار گیرد. چنین تعادلی به سادگی
می‌‌تواند بهم بخورد (در واقع در روش تحلیل، تعادل همواره برقرار است ولی
شرایطی غیر از شرایط مورد نظر می‌‌تواند ایجاد شود) و این حالت می‌‌تواند
اثرات سویی داشته باشد.
در بررسی تعادل نیروها باید دقت داشت که بسیاری از نرم‌افزارها، واکنش‌های
مربوط به انواع متفاوت تکیه‌گاه‌ها (مثلاً بدون نشست و تکیه‌گاه‌های فنری) را
در یک صفحه (پنجره‌ی) واحد نشان نمی‌دهد و باید به این نکته توجه نموده و
جداگانه مقدار هر یک و یا جمع آنها را دید.
در عین حال به تغییر شکل‌های سازه نیز باید توجه کافی داشت. از طرف دیگر حدود
تغییر شکل و حدود نیرو، هر دو، مهم است.
4- کف‌های صلب و نیمه صلب
با امکانات نرم‌افزاری و سخت‌افزاری امروز به تعریف کف‌های صلب طبق تعریف
آیین‌نامه‌ی 2800 و یا بررسی نیمه صلب بودن آن نیازی نیست. به‌راحتی می‌‌توان
کف‌ها را با بریدگی‌ها و شکل‌های هندسی خاص خود در نظر گرفت.
در این شبیه‌‌سازی به ابعاد و جهت تیرریزی‌ها و ضخامت دال (بتنی) روی تیرها
باید توجه نمود. در یک مدل سه بعدی تغییر جهت تیرریزی، روی پخش بار
(استاتیکی) و روی پخش جرم، که در تحلیل دینامیکی مورد استفاده قرار می‌‌گیرد
تأثیر خواهد داشت. به این ترتیب در مدل سه بعدی خروج از محوری‌ها را، به‌صورت
واقعی‌تری، می‌‌توان منظور نمود.
5- اجزای سازه‌ای مدل
چه اجزایی از سازه را باید در مدل منظور نمود؟ امکانات نرم‌افزاری و
سخت‌افزاری، امروزه، بسیاری از محدودیت‌ها را از بین برده است. بنابراین شاید
این تصور پیش آید که هر چه اجزای سازه‌ای بیشتر و یا حالت‌های بارگذاری بیشتر
و... یا رفتارهای سازه‌ای پیچیده‌تری منظور شود بهتر خواهد بود.
پیچیدگی مدل نباید چنان شود که اجزای فرعی بر اجزای اصلی سایه افکنده، مدل از
کننترل خارج شده و امکان نتیجه‌گیرری روشن تحلیل، خدشه‌دار شود. ممکن است در
یک مدل‌سازی تحقیقاتی و یا بررسی‌های خاص، مدل‌های پیچیده‌ای در نظر گرفته
شود ولی معمول پروژه‌های عادی نیست. چنانچه لازم باشد می‌‌توان از رده‌های
متفاوتی از مدل‌ها استفاده نمود.